Микробиологични и генетични проучвания върху клинични изолати Streptococcus pyogenes
Зареждане...
Дата
2019-07-02
Автори
Мухтарова, Адиле Акифова // Muhtarova, Adyle Akifova
Заглавие на списанието
ISSN на списанието
Заглавие на тома
Издател
Резюме
Цeл и задачи
Цел на настоящия дисертационен труд е:
Да се оптимизира диагностичния алгоритъм за бърза етиологична диагноза на инфекциите, причинени от S. pyogenes, да се проучат факторите на вирулентността и резистентността към важни групи антимикробни средства на клинично значими изолати S. pyogenes и да се извърши епидемиологично типизиране на циркулиращите S. рyogenes.
За осъществяване на тази цел си поставихме следните задачи:
1) Да се създаде колекция от замразени S. pyogenes и от екстракти на техните геномни ДНК, от клинично-значими щамове, изолирани от български пациенти с различни стрептококови инфекции.
2) Да се разработят молекулярно-генетични методи (PCR, RT-PCR) за бърза етиологична диагноза на инфекции, причинени от S. рyogenes.
3) Да се проучи антибиотичната чувствителност към основни за терапия групи антимикробни средства: пеницилини, макролиди, линкозамиди, тетрациклини. Да се определят механизмите на макролидната и тетрациклинова резистентност.
4) Да се направят препоръки за емпирична терапия на инфекциите причинени от S. рyogenes, в зависимост от установените данни за резистентност в нашата страна.
5) Да се проучат важни фактори на вирулентността от групите на токсините, ензимите и суперантигените.
6) Да се типизират колекционираните изолати чрез определяне на emm-генотиповете и съответните им MLST типове, както и анализиране на връзката между установените клонове, гените на резистентност и клиничната диагноза.
//
Summary. During the period of five years (2013-2017) we have investigated the incidence and the etiological role of Streptococcus pyogenes in patients from different age groups with infections exposing various clinical manifestations. Two new molecular-genetic methods for fast direct detection of streptococcal etiology in the samples from patients were developed. A total 445 non-duplicate clinical strains S. pyogenes isolated from patients with invasive and noninvasive infections were studied to evaluate the distribution of genetic elements, encoding 21 virulence factors and resistance to macrolides and tetracyclines, and to establish the circulation of different emm and sequence types (ST) in Bulgarian streptococcal isolates. All tested strains were showed that the presence of speB, spyCep, sdaB, slо and speA, speF, speL, speM (p<0.001) were significantly more common in invasive isolates. During the 5-year study period, the frequency of macrolide resistance in S. pyogenes was over 30%. The macrolide-resistance genotypes distribution was as follows: mef(A) at 51.1% alone and 22% in combination with erm(B)/or erm(A), erm(B) at 11.4% alone and 20% in combination with mef(A), and resp. erm(A) at 9.3% and 2% in combination with mef(A). A total of 10.3% were tetracycline resistant and harbored ribosomal protection genes: tet(M) at 85%, tet(O) resp. 15%. After the emm-genotyping by PCR and following sequencing 15 different emm types including 27 sub-types were identified. Two new subtypes for the world emm3.132 and emm3.133 were established (GenBank NCBI MG869722 and MG869723). The most prevalent emm types were emm1 (24.7%), emm3 (19.2%), emm12(11%) and emm4 (11%). The emm types identified belong to 8 emm-clusters: A-C3, E4, A-C5, A-C4, E1, E6, M6, E3, cladeY. Cluster A-C3 was statistically significant associated with the genes for super-antigenes SpeA, speG, speJ, while cluster E4 with speC. The rheumatogenic emm types were comprised 49.9% and resp. 67 the nephritogenic ones 46.7% of characterized isolates. The predominant (87.5%) of erm(B) + strains were belonged to emm28. We were established by MLST 8 sequence types (ST28, ST15, ST39, ST36, ST52, ST63, ST382, ST847) in the studied S. pyogenes isolates. The new proposed 26-valent and 30-valent anti-GAS vaccines can protect against 84.4% and resp. 100% of emm types that were detected in our survey.
Описание
дисертационен труд за присъждане на научна и образователна степен „доктор”; 4. Природни науки, математика и информатика;
Професионално направление 4.3. Биологически науки;
Докторска програма: МИКРОБИОЛОГИЯ;
Научен ръководител: доц. д-р Райна Цветанова Гергова, дм; София 2018 г.
Ключови думи
STREPTOCOCCUS PYOGENES инфекции - диагностика; вирулентност, антибиотична резистентност, генетично типизиране // , STREPTOCOCCUS PYOGENES infections - diagnosis; virulence, antibiotic resistance; genetic typing